Topic outline

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  General

  Bienvenidos al curso de Genómica Evolutiva

  Este curso pretende brindar al estudiante un enfoque conceptual de genómica evolutiva. En particular, se busca hacer énfasis en los mecanismos y fuerzas evolutivas que operan a las diversas escalas de la organización genómica y, como contracara, qué aspectos del funcionamiento genómico son relevantes a la hora de entender sus procesos evolutivos.

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  • Información general del curso Page

    Estructura y duración:
    

    90 hs, 15 semanas (6hs por semana)
    

    
    

    Modalidad:

    Virtual

    
    

    Días y horarios:

    Teóricos: Martes de 15hs a 17hs
    

    Prácticos: Jueves y viernes de 10hs a 12hs
    

    
    

    Comienzo 2021:

    23 de marzo (clase de presentación del curso)

    Comienzo práctico 26 de marzo

    
    

    Link de Zoom para todas las clases:

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    https://us02web.zoom.us/j/89385479212?pwd=UFB2S1pjTkk0S0lFbDlncHpXN01Zdz09
    Meeting ID: 893 8547 9212
    Passcode: GenEV

    
    

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  • Consultas generales Forum
  • Examen Forum

    Este foro es para despejar preguntas relacionadas al examen

  • • Examen
      • examen_Agosto2021_1raPregunta.mp4
      • examen2021_preg2.mp4

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  0 - Clase Inaugural

  Clase introductoria del curso
  

  • Link al video de la clase introductoria del 23/3

    • Recursos
      • clase_26-3_TecnologiasDeSecuenciación.mp4
      • claseIntroductoria_curso2021.pdf

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  1 - Evolución de la complejidad genómica

  • 1.a - Tamaño genómico

    
    

    • Recursos
      • Clase_6_4_21_Tamaño.mp4
      • Clase_2020_Tamaño_genomico.mp4
      • tamañogenomico2021.pdf

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  • 1.b - Mecanismos de transmisión de la información genética (más allá de la segregación mendeliana)

    
    

    • Recursos
      • Clase2_segregacion.mp4
      • cromosomas_Segregacion_meiosis.mp4
      • segregacion_meiosis2021.pdf

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  • 1.c - Estrategias de compartimentalización genómica

    Desde virus y operones hasta transcription factories, isocoros, TADs y LADs
    

    • Recursos
      • estructura3d_2021.mp4
      • estructura3d_2021.pdf

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  • 1.d - Isocoros

    
    

    • Recursos (copia)
      • isocoros_2021.mp4
      • Isocoros_2021.pdf

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  • 1.e - Uso de codones sinónimos
    

    
    

    • Recursos (copia) (copia)
      • uso_codones_2021.mp4
      • Uso_codones_2021.pdf

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  2 Repetición

  • 2.a. Repetición y evolución genómica
    

    
    

    • Materiales
      • clase_repeticion.mp4
      • Origen de los nuevos genes - conceptos.pdf
      • Origen de los nuevos genes - modelos.pdf
      • pbio.0030314.Duplications.pdf
      • Repeticion y evolución genómica.pdf
      • vandepeer2017.pdf

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  • 2.b. Elementos móviles

    Clasificación y evolución
    

    • Materiales
      • Elementos_transponibles_1.mp4
      • Elementos_transponibles_1.pdf

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  • 2.c. Elementos móviles

    Su contribución a plasticidad genómica
    

    • Materiales (copia)
      • articulo1.pdf
      • articulo2.pdf
      • Elementos transponibles.2021pdf
      • ElementosTrasponibles_2.final.mp4
      • ElementosTrasponibles_2.mp4

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  • 2.d. La repetición en las zonas codificantes: familias multigénicas, nacimiento y muerte de genes

    
    

    • Materiales
      • FamiliasMultigenicas2021.mp4
      • review_familias.pdf
      • review_familias2.pdf

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  • 2.e. Evolución del HIV

    
    

    • Materiales
      • Clase_HIV.mp4
      • Evolución del HIV.pdf

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  Evolución de las endosimbiosis genómicas

  • 3a. Endosimbiosis primarias y origen de los eucariotas

    
    

    • Materiales
      • eucariogenesis.mp4
      • origen_eucariotas_2021.pdf

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  • 3b. Evolución de genomas citoplasmáticos

    
    

    clase plástidos

    https://drive.google.com/file/d/1IB18CGmigLmIUfKUPrOaes1wMTy2EbBC/view?ts=6100cd2c
    

    
    

    • Material
      • cytogenome.evolution.21.pdf
      • Cytonuclear integration and co-evolution.pdf
      • Massively Convergent Evolution.pdf

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  PRÁCTICOS
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  Máquina virtual

  • Foro de consultas de la máquina virtual Forum
  • El link para bajar la máquina virtual es https://drive.google.com/file/d/1Lq5vx9Alt6JfyETUGfngtZr1usJUyLTe/view?usp=sharing.

    Son unos 13 Gb, luego de bajarlo hay que descomprimirlo. 

    Les dejamos un video explicativo de cómo instalar la máquina virtual.

    También queda disponible el video del inicio de la clase del 26/3 donde hablamos de la máquina virtual.

    
    

    • Recursos
      • Compu_virtual.mp4
      • inicio_26-3_maquinaVirtual.mp4

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  Práctico linea de comando

  • • Instructivo
      • Ejercicios_.pdf
      • practicoLinux.html
      • practicoLinux2.html

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  • Preguntas y comentarios sobre la linea de comando Forum
  • Tarea grep/sed/awk Assignment
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  Práctico Saccharomcyes

  • 1- Pre-procesamiento de secuencias

    • Recursos
      • DatosNanopore_basecalling_calidad_fast5.mp4
      • ensamblado.html
      • pre-procesamiento.html

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  • 2- Ensamblaje

    • Recursos
      • ensamblado.html

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  • • 3 Evaluación de Ensambaljes
      • Materiales
        • Dot_Plots.pdf
        • dot-plots.mp4
        • flye.mp4
      • Evaluación de ensamblajes Illumina.html
      • evaluacion_3g.html

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  • Ejercicio evaluación de ensamblaje Assignment
  • Ejercicios - Evaluación de ensamblajes File
  • 4 - Predicción y anotación de ensamblaje

    • Material
      • Anotacion funcional.mp4
      • busqueda_de_genes.mp4
      • cadenasMarkov.mp4
      • pred_anot.html

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  • 5 - Anotación de Elementos Transponibles
    

    • Recursos
      • Anotación de transposones en el genoma de S. cerevisiae.html

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  Práctico Genómica Comparativa

  • Parte 1

    • Materiales
      • GenomicaComparativaPr1.mp4
      • GuiaGenómicaComparativa.pdf
      • practico_sec.zip

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  • Parte 2

    • Materiales
      • all.aau.tab
      • all.base.tab
      • all.cu.tab
      • GenCompII.nb.html
      • Genomica_comparativa2_2.mp4
      • ref.1664.tab

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  Familias multigénicas

  • • Materiales
      • alpha.fas
      • eef1g.fas
      • GuiaP-FamiliasMultigénicas-AIO.pdf
      • kappa.fas
      • mu.fas
      • omega.fas
      • practico.mp4
      • resultados.pptx
      • review_familias.pdf
      • review_familias2.pdf

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  Seminarios