Hola Abril,

Fijate entre qué átomos debemos calcular las interacciones. Si queremos saber qué fuerza le hace la timina a la adenina (o viceversa), no nos interesan las fuerzas que se hacen entre sí los átomos de la timina (o de la adenina). Sería como querer saber que fuerza hacemos en un apretón de manos y calcular la fuerza que hace nuestro tronco sobre nuestro brazo - no es la que nos interesa. Acá la distancia no es 0.110nm, sino que la diferencia entre el dato de la letra y 0.110nm, porque debemos tomar hidrógeno y nitrógeno de bases diferentes.

Espero que te aclare la duda, sino consultá nuevamente!
Saludos
S.