Hola David, cómo estas?
Disculpa le demorar en responder!
Creo que lo habíamos hablado personalmente en clase al final, pero lo dejo por aquí por las dudas. Esta bien haber tenido como resultado 3 carpetas, Canu corrió bien. Para los ensamblados no tenias que haber hecho nada más. Luego Assembly-scan para evaluar esos ensamblados, que fue lo que hicimos en la segunda clase. Ese archivo fasta que dices, es el resultado del ensamblado y es el que van a seguir usando en el resto de las clases. Si le haces ll -h en la terminal vas a ver que tiene le tamaño del genoma de E. coli, ~4.5 Mb.
Para Canu no tenemos que hacer un filtrado de calidad, eso lo hablamos en clase. Esto es debido a que para PacBio-Raw las lecturas son de muy mala calidad, y nos quedaríamos sin lecturas. Y por el contrario, las de PacBio HIFI son de excelente calidad, por lo que no necesitamos hacerle ningún filtrado.
Los archivos que van a necesitar para la próxima clase son los .fasta de todos los ensamblados.
Saludos!
Lucia
Disculpa le demorar en responder!
Creo que lo habíamos hablado personalmente en clase al final, pero lo dejo por aquí por las dudas. Esta bien haber tenido como resultado 3 carpetas, Canu corrió bien. Para los ensamblados no tenias que haber hecho nada más. Luego Assembly-scan para evaluar esos ensamblados, que fue lo que hicimos en la segunda clase. Ese archivo fasta que dices, es el resultado del ensamblado y es el que van a seguir usando en el resto de las clases. Si le haces ll -h en la terminal vas a ver que tiene le tamaño del genoma de E. coli, ~4.5 Mb.
Para Canu no tenemos que hacer un filtrado de calidad, eso lo hablamos en clase. Esto es debido a que para PacBio-Raw las lecturas son de muy mala calidad, y nos quedaríamos sin lecturas. Y por el contrario, las de PacBio HIFI son de excelente calidad, por lo que no necesitamos hacerle ningún filtrado.
Los archivos que van a necesitar para la próxima clase son los .fasta de todos los ensamblados.
Saludos!
Lucia