Curso: Genómica Evolutiva 2021

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Bienvenidos al curso de Genómica Evolutiva
Este curso pretende brindar al estudiante un enfoque conceptual de genómica evolutiva. En particular, se busca hacer énfasis en los mecanismos y fuerzas evolutivas que operan a las diversas escalas de la organización genómica y, como contracara, qué aspectos del funcionamiento genómico son relevantes a la hora de entender sus procesos evolutivos.
- Avisos Foro
- Novedades Foro
- Información general del curso Página
  
  Estructura y duración:
  90 hs, 15 semanas (6hs por semana)
  
  Modalidad:
  Virtual
  
  Días y horarios:
  Teóricos: Martes de 15hs a 17hs
  Prácticos: Jueves y viernes de 10hs a 12hs
  
  Comienzo 2021:
  23 de marzo (clase de presentación del curso)
  Comienzo práctico 26 de marzo
  
  Link de Zoom para todas las clases:
  Join Zoom Meeting
  https://us02web.zoom.us/j/89385479212?pwd=UFB2S1pjTkk0S0lFbDlncHpXN01Zdz09
  Meeting ID: 893 8547 9212
  Passcode: GenEV
- Docentes Página
- Objetivos del curso Página
- Destinatarios Página
- Contenidos Página
- Consultas generales Foro
- Examen Foro
  
  Este foro es para despejar preguntas relacionadas al examen
- Examen
  examen_Agosto2021_1raPregunta.mp4
  examen2021_preg2.mp4
0 - Clase Inaugural
Clase introductoria del curso
- Link al video de la clase introductoria del 23/3
  
  Recursos
  clase_26-3_TecnologiasDeSecuenciación.mp4
  claseIntroductoria_curso2021.pdf
1 - Evolución de la complejidad genómica
- 1.a - Tamaño genómico
  
  Recursos
  Clase_6_4_21_Tamaño.mp4
  Clase_2020_Tamaño_genomico.mp4
  tamañogenomico2021.pdf
- 1.b - Mecanismos de transmisión de la información genética (más allá de la segregación mendeliana)
  
  Recursos
  Clase2_segregacion.mp4
  cromosomas_Segregacion_meiosis.mp4
  segregacion_meiosis2021.pdf
- 1.c - Estrategias de compartimentalización genómica
  Desde virus y operones hasta transcription factories, isocoros, TADs y LADs
  
  Recursos
  estructura3d_2021.mp4
  estructura3d_2021.pdf
- 1.d - Isocoros
  
  Recursos (copia)
  isocoros_2021.mp4
  Isocoros_2021.pdf
- 1.e - Uso de codones sinónimos
  
  Recursos (copia) (copia)
  uso_codones_2021.mp4
  Uso_codones_2021.pdf
2 Repetición
- 2.a. Repetición y evolución genómica
  
  Materiales
  clase_repeticion.mp4
  Origen de los nuevos genes - conceptos.pdf
  Origen de los nuevos genes - modelos.pdf
  pbio.0030314.Duplications.pdf
  Repeticion y evolución genómica.pdf
  vandepeer2017.pdf
- 2.b. Elementos móviles
  Clasificación y evolución
  
  Materiales
  Elementos_transponibles_1.mp4
  Elementos_transponibles_1.pdf
- 2.c. Elementos móviles
  Su contribución a plasticidad genómica
  
  Materiales (copia)
  articulo1.pdf
  articulo2.pdf
  Elementos transponibles.2021pdf
  ElementosTrasponibles_2.final.mp4
  ElementosTrasponibles_2.mp4
- 2.d. La repetición en las zonas codificantes: familias multigénicas, nacimiento y muerte de genes
  
  Materiales
  FamiliasMultigenicas2021.mp4
  review_familias.pdf
  review_familias2.pdf
- 2.e. Evolución del HIV
  
  Materiales
  Clase_HIV.mp4
  Evolución del HIV.pdf
Evolución de las endosimbiosis genómicas
- 3a. Endosimbiosis primarias y origen de los eucariotas
  
  Materiales
  eucariogenesis.mp4
  origen_eucariotas_2021.pdf
- 3b. Evolución de genomas citoplasmáticos
  
  clase plástidos
  https://drive.google.com/file/d/1IB18CGmigLmIUfKUPrOaes1wMTy2EbBC/view?ts=6100cd2c
  
  Material
  cytogenome.evolution.21.pdf
  Cytonuclear integration and co-evolution.pdf
  Massively Convergent Evolution.pdf
PRÁCTICOS
Máquina virtual
- Foro de consultas de la máquina virtual
- El link para bajar la máquina virtual es https://drive.google.com/file/d/1Lq5vx9Alt6JfyETUGfngtZr1usJUyLTe/view?usp=sharing.
  Son unos 13 Gb, luego de bajarlo hay que descomprimirlo.
  Les dejamos un video explicativo de cómo instalar la máquina virtual.
  También queda disponible el video del inicio de la clase del 26/3 donde hablamos de la máquina virtual.
  
  Recursos
  Compu_virtual.mp4
  inicio_26-3_maquinaVirtual.mp4
Práctico linea de comando
Práctico Saccharomcyes
- 1- Pre-procesamiento de secuencias
  
  Recursos
  DatosNanopore_basecalling_calidad_fast5.mp4
  ensamblado.html
  pre-procesamiento.html
- 2- Ensamblaje
  
  Recursos
  ensamblado.html
- 3 Evaluación de Ensambaljes
  Materiales
  Dot_Plots.pdf
  dot-plots.mp4
  flye.mp4
  Evaluación de ensamblajes Illumina.html
  evaluacion_3g.html
- 4 - Predicción y anotación de ensamblaje
  
  Anotación
  videos
  Anotacion funcional.mp4
  busqueda_de_genes.mp4
  cadenasMarkov.mp4
  anotación1_2023.html
Práctico Genómica Comparativa

No disponible
Familias multigénicas
- Materiales
  alpha.fas
  eef1g.fas
  GuiaP-FamiliasMultigénicas-AIO.pdf
  kappa.fas
  mu.fas
  omega.fas
  practico.mp4
  resultados.pptx
  review_familias.pdf
  review_familias2.pdf
Seminarios

Diagrama de temas

General

Bienvenidos al curso de Genómica Evolutiva

0 - Clase Inaugural

1 - Evolución de la complejidad genómica

1.a - Tamaño genómico

1.b - Mecanismos de transmisión de la información genética (más allá de la segregación mendeliana)

1.c - Estrategias de compartimentalización genómica

1.d - Isocoros

1.e - Uso de codones sinónimos

2 Repetición

2.a. Repetición y evolución genómica

2.b. Elementos móviles

2.c. Elementos móviles

2.d. La repetición en las zonas codificantes: familias multigénicas, nacimiento y muerte de genes

2.e. Evolución del HIV

Evolución de las endosimbiosis genómicas

3a. Endosimbiosis primarias y origen de los eucariotas

3b. Evolución de genomas citoplasmáticos

PRÁCTICOS

Máquina virtual

Práctico linea de comando

Práctico Saccharomcyes

Práctico Genómica Comparativa

Familias multigénicas

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