Augusto,
Hasta el segundo párrafo tenés toda la razón. En el tercero, ojo, sólo con las dimensiones de los espacios de llegada y salida no podes averiguar si una transformación es un isomorfismo.
Es cierto que si las dimensiones del dominio y el codominio no coinciden, la transformación no puede ser un isomorfismo. Pero si coinciden nada te asegura que sea un isomorfismo la transformación lineal.
Pensá en transformaciones de que no sean isomorfismos.
Si tenés una matriz asociada, como decís, podés verificar que es invertible, y una forma (muy directa) de ver eso es calculando su determinante (que estudiaremos mejor en esta semana).
Abrazo.