Programação
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CURSO DE GENÓMICA
- 2024 -
Áreas Temáticas
Secuenciación y Anotación de Genomas, Genómica Funcional, Recursos online para análisis de datos masivos, Genómica comparativa, Interacciones Moleculares.
Se cubrirán diferentes aproximaciones incluyendo Ensamblado, Anotación, Transcriptómica "bulk" y célula única, Traductómica, Metagenómica, Ribonómica y Enfermedades Genómicas.
Días y horarios
- Martes de 15:30 a 18:00 hrs (salón 105)
- Viernes de 16:00 a 19:00 hrs (salón 109)
Inicio: Martes 13 de agosto a las 15:30hrs
Actividades teóricas, prácticos de análisis de datos y seminarios de presentación de artículos.
Docentes Coordinadores:
- Dr. José Sotelo-Silveira
- Dr. Pablo Smircich
Dirigido a:
- Estudiantes avanzados de las Licenciaturas de Bioquímica y Biología.
- Estudiantes de posgrado del PEDECIBA (Biología, Química, Bioinformática, Informática), Posgrado en Biotecnología y áreas afines.
¡¡¡ IMPORTANTE !!! En la primera clase daremos las instrucciones de matriculación al curso de EVA
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Introducción a la genómica, ensamblado, anotación de genomas y tecnologías de secuenciación masiva
- Generalidades
- Introducción a la Genómica
- Características generales de genomas eucariotas
- Secuenciado de genomas
- Ensamblado
- Anotación
- Plataformas de secuenciación masiva
Teóricos
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Genómica comparativa
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Genómica estructural
- Conformación de la cromatina
- Estrategias genómicas para estudiar la estructura tridimensional de genomas
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Metagenómica
- Ecología microbiana
- Aplicaciones metagenómicas
- Diversidad microbiana basada en metagenomas
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Transcriptómica y traductómica
- Estrategias genómicas y estadísticas para estudiar procesos de transcripción y
traducción
- Transcriptómica, transcriptómica de célula única, traductómica, ribonómica
- Estrategias genómicas y estadísticas para estudiar procesos de transcripción y
traducción
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Genómica funcional y aplicada
- Genómica del cáncer, genómica clínica
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Práctico 1 - Introducción a Linux
- Introducción al Sistema Operativo Linux
- Instrucciones para la conexión remota a los servidores
- Manejo de la línea de comando (Bash)
Videos de apoyo de Youtube
- Introducción al Sistema Operativo Linux
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Práctico 2 - Ensamblado de un genoma pequeño
- Pre-procesamiento de datos crudos
- Ensamblado a partir de lecturas cortas y largas
- Evaluación de calidad de los ensamblados
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Práctico 3 - Anotación de genomas
- Anotación funcional de genoma bacteriano
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Práctico 4 - Metagenómica
- Comparación de la información taxonómica obtenida mediante metagenómica shotgun y metabarcoding 16S
- Demostración de análisis de datos de metagenómica
- Comparación de la información taxonómica obtenida mediante metagenómica shotgun y metabarcoding 16S
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Práctico 5 - Transcriptómica (RNA-seq)
- Exploración base de datos
- Descarga de datos de secuenciación
- Control de calidad
- Trimming
- Alineamientos
- Conteo de genes
- Expresión diferencial
- Análisis de ontología génica
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Práctico 6 - Traductómica (Ribo-seq)
- Exploración de herramientas online para visualización de datos
- Trimming de huellas ribosomales
- Mapeo y conteo
- Cálculo de traducción y eficiencia traduccional diferencial
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Práctico 7 - Transcriptómica de célula única (scRNA-seq)
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Práctico 8 - Genómica clínica
Verifiquen tener instalado el IGV (Integrative Genomics Viewer). En esta página pueden descargarlo si no lo tienen instalado.
En el siguiente enlace encontrarán algunos archivos que deben descargar para trabajar en el IGV: Genómica Clínica 2024 en Google Drive
Por cualquier consulta sobre el material del práctico de genómica clínica se pueden comunicar con la Dra. Cecilia Mathó (mathocecilia@gmail.com) o el Dr. Santiago Fontenla (sfontenla@fmed.edu.uy)
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Seminario 1 - Ensamblado, anotación y metagenómica
Estos son los 4 artículos disponibles de los cuales se seleccionaran 3 artículos para la primera instancia de Seminarios, donde abarcaremos los temas de Ensamblado, Anotación y Metagenómica, que serán presentados el viernes 8 de noviembre.
Para elegir los artículos escriben en el foro correspondiente "Asignación de Seminarios" los nombres de los estudiantes que presentan y el número o título del artículo.
1 - Hybrid genome assembly and annotation of Danionella translucida.pdf
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Seminario 2 - Transcriptómica (bulk y single cell), traductómica y ribonómica
- 3 grupos -
Estos son los 5 artículos disponibles de los cuales se seleccionarán 3 artículos, para la segunda instancia de Seminarios, donde abarcaremos los temas de Transcriptómica (bulk y single cell), Traductómica y Ribonómica, que serán presentados el martes 19 de noviembre en el horario del teórico.
Para elegir los artículos escriben en el foro correspondiente "Asignación de Seminarios" los nombres de los estudiantes que presentan y el número o título del artículo.
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Seminario 3 - Genómica Funcional
- 3 grupos -
Estos son los 5 artículos disponibles de los cuales se seleccionaran 4 artículos para la última instancia de Seminarios, donde abarcaremos temas de Genómica Funcional, que serán presentados el viernes 22 de noviembre.
Para elegir los artículos escriben en el foro correspondiente "Asignación de Seminarios" los nombres de los estudiantes que presentan y el número o título del artículo.
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