Genómica - BG292 - 2024

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  GENERAL

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  CURSO DE GENÓMICA

  - 2024 -

  Áreas Temáticas

  Secuenciación y Anotación de Genomas, Genómica Funcional, Recursos online para análisis de datos masivos, Genómica comparativa, Interacciones Moleculares.

  Se cubrirán diferentes aproximaciones incluyendo Ensamblado, Anotación, Transcriptómica "bulk" y célula única, Traductómica, Metagenómica, Ribonómica y Enfermedades Genómicas.

  Días y horarios

  • Martes de 15:30 a 18:00 hrs (salón 105)
  • Viernes de 16:00 a 19:00 hrs (salón 109)

  Inicio: Martes 13 de agosto a las 15:30hrs

  Actividades teóricas, prácticos de análisis de datos y seminarios de presentación de artículos.

  Docentes Coordinadores:
  

  • Dr. José Sotelo-Silveira
  • Dr. Pablo Smircich

  Dirigido a:

  • Estudiantes avanzados de las Licenciaturas de Bioquímica y Biología.
  • Estudiantes de posgrado del PEDECIBA (Biología, Química, Bioinformática, Informática), Posgrado en Biotecnología y áreas afines.

  ¡¡¡ IMPORTANTE !!! En la primera clase daremos las instrucciones de matriculación al curso de EVA

  • Selecionar atividade Información general y programa del curso

    

    Información general y programa del curso Página
  • Selecionar atividade Calendario 2024

    

    Calendario 2024 Página
  • Selecionar atividade Bibliografía

    

    Bibliografía Página
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    Avisos Fórum
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    Foro de Consultas Fórum
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    Asignación de Seminarios Fórum
• Selecionar seção TEÓRICOS

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  TEÓRICOS

  • Selecionar atividade Teóricos

    Introducción a la genómica, ensamblado, anotación de genomas  y tecnologías de secuenciación masiva
    

    • Generalidades
    • Introducción a la Genómica
    • Características generales de genomas eucariotas
    • Secuenciado de genomas
    • Ensamblado
    • Anotación
    • Plataformas de secuenciación masiva

    • Teóricos
      • Pablo Smircich
        • 1 - Introducción y estudio de Genomas.pdf
        • 2 - Ensamblado y anotación de genomas.pdf
      • Rafael Fort
        • 3,4 - Librerías y Tecnologías de secuenciación.pdf
  • Selecionar atividade Teórico - Luisa Berná & Fernando Álvarez

    Genómica comparativa

    • Teórico - Luisa Berná & Fernando Álvarez
      • 5.1 - Organización Genómica.pdf
      • 5.2 - Transmisión, segregación y recombinación del material hereditario.pdf
  • Selecionar atividade Teórico - José Sotelo-Silveira

    Genómica estructural
    

    • Conformación de la cromatina
    • Estrategias genómicas para estudiar la estructura tridimensional de genomas

    
    

    • Teórico - José Sotelo-Silveira
      • 6 - Conformación de la cromatina.pdf
  • Selecionar atividade Teórico - Claudia Piccini

    Metagenómica
    

    • Ecología microbiana
    • Aplicaciones metagenómicas
      
    • Diversidad microbiana basada en metagenomas
      

    • Teórico - Claudia Piccini
      • 7 - Metagenómica.pdf
  • Selecionar atividade Teóricos

    Transcriptómica y traductómica

    • Estrategias genómicas y estadísticas para estudiar procesos de transcripción y traducción
      
    • Transcriptómica, transcriptómica de célula única, traductómica, ribonómica

    • Teóricos
      • 08 - Transcriptómica.pdf
      • 09 - Estadística para el análisis de expresión génica a gran escala.pdf
      • 10 - Traductómica.pdf
      • 11 - Single Cell RNAseq y Spatial Transcriptomics.pdf
      • 12 - Transcriptómica de pequeños ARNs.pdf
  • Selecionar atividade Teóricos

    Genómica funcional y aplicada

    • Genómica del cáncer, genómica clínica

    • Teóricos
      • 13 - Genómica del cáncer.pdf
• Selecionar seção ACTIVIDADES PRÁCTICAS

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  ACTIVIDADES PRÁCTICAS

  • Selecionar atividade Practico 1 - Introducción a Linux

    Práctico 1 - Introducción a Linux
    

    • Introducción al Sistema Operativo Linux
      
    • Instrucciones para la conexión remota a los servidores
    • Manejo de la línea de comando (Bash)

    
    Videos de apoyo de Youtube
    

    Comandos de Linux
    Directorios en Linux
    Paths absolutos y relativos
    Uso del tabulador

    • Practico 1 - Introducción a Linux
      • EJERCICIOS DE COMANDOS
        • Ejercicios de comandos.pdf
        • Soluciones de Ejercicios.pdf
      • PRÁCTICO 1
        • PRÁCTICO 1.html
        • PRÁCTICO_1_resolución.html
  • Selecionar atividade Glosario de comandos

    

    Glosario de comandos Arquivo
  • Selecionar atividade Practico 2 - Ensamblado de un genoma pequeño

    Práctico 2 - Ensamblado de un genoma pequeño

    • Pre-procesamiento de datos crudos
    • Ensamblado a partir de lecturas cortas y largas
    • Evaluación de calidad de los ensamblados

    • Practico 2 - Ensamblado de un genoma pequeño
      • PRÁCTICO_ENSAMBLADO_2_1.html
      • PRÁCTICO_ENSAMBLADO_2_2.html
  • Selecionar atividade Practico 3 - Anotación de genomas

    Práctico 3 - Anotación de genomas

    • Anotación funcional de genoma bacteriano

    • Practico 3 - Anotación de genomas
      • PRÁCTICO_ANOTACIÓN.html
  • Selecionar atividade Practico 4 - Metagenómica

    Práctico 4 - Metagenómica
    

    • Comparación de la información taxonómica obtenida mediante metagenómica shotgun y metabarcoding 16S
      
    • Demostración de análisis de datos de metagenómica
      

    • Practico 4 - Metagenómica
      • phyloseq.R
      • PRÁCTICO_METAGENÓMICA.pdf
      • scripts_dada2.R
  • Selecionar atividade Práctico 5 - Transcriptómica (RNA-seq)

    Práctico 5 - Transcriptómica (RNA-seq)

    • Exploración base de datos
    • Descarga de datos de secuenciación
    • Control de calidad
    • Trimming
    • Alineamientos
    • Conteo de genes
    • Expresión diferencial
    • Análisis de ontología génica

    
    

    • Práctico 5 - Transcriptómica (RNA-seq)
      • Ingolia 2009.pdf
      • PRÁCTICO_5_1_RNAseq.html
      • PRÁCTICO_5_2.html
  • Selecionar atividade Práctico 6 - Traductómica (Ribo-seq)

    Práctico 6 - Traductómica (Ribo-seq)

    • Exploración de herramientas online para visualización de datos 
    • Trimming de huellas ribosomales 
    • Mapeo y conteo
    • Cálculo de traducción y eficiencia traduccional diferencial
      

    
    

    • Práctico 6 - Traductómica (Ribo-seq)
      • Ingolia 2009.pdf
      • Práctico 6 Traductómica (Ribo-seq).html
  • Selecionar atividade Práctico 7 - Transcriptómica de célula única (scRNA-seq)

    Práctico 7 - Transcriptómica de célula única (scRNA-seq)

    
    

    • Práctico 7 - Transcriptómica de célula única (scRNA-seq)
      • PRACTICO_7_scRNAseq.html
  • Selecionar atividade Práctico 8 - Genómica clínica

    Práctico 8 - Genómica clínica

    Verifiquen tener instalado el IGV (Integrative Genomics Viewer). En esta página pueden descargarlo si no lo tienen instalado.
    
    En el siguiente enlace encontrarán algunos archivos que deben descargar para trabajar en el IGV: Genómica Clínica 2024 en Google Drive
    
    Por cualquier consulta sobre el material del práctico de genómica clínica se pueden comunicar con la Dra. Cecilia Mathó (mathocecilia@gmail.com) o el Dr. Santiago Fontenla (sfontenla@fmed.edu.uy)
    

    • Práctico 8 - Genómica clínica
      • 2024_Práctico Genómica Clínica.pdf
  • Selecionar atividade Área de texto y medios
• Selecionar seção SEMINARIOS

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  SEMINARIOS

   

  • Selecionar atividade Artículos Seminario 1 - Ensamblado, Anotación y Metagenómica

    Seminario 1 - Ensamblado, anotación y metagenómica

    Estos son los 4 artículos disponibles de los cuales se seleccionaran 3 artículos para la primera instancia de Seminarios, donde abarcaremos los temas de Ensamblado, Anotación y Metagenómica, que serán presentados el viernes 8 de noviembre.

    Para elegir los artículos escriben en el foro correspondiente "Asignación de Seminarios" los nombres de los estudiantes que presentan y el número o título del artículo. 

    
    

    • Artículos Seminario 1 - Ensamblado, Anotación y Metagenómica
      • 1 - Hybrid genome assembly and annotation of Danionella translucida.pdf
      • 2 - Expanding an expanded genome long read sequencing of Trypanosoma cruzi .pdf
      • 3 - Alterations in the Gut Microbiota of Rats Chronically Exposed to Volatilized Cocaine and Its Active Adulterants Caffeine and Phenacetin.pdf
      • 4 - Bacterial diversity patterns of the intertidal biofilm in urban beaches of Río de la Plata.pdf
  • Selecionar atividade Artículos Seminario 2 - Transcriptómica (bulk y single cell), Traductómica y Ribonómica

    Seminario 2 - Transcriptómica (bulk y single cell), traductómica y ribonómica 

    - 3 grupos -

    Estos son los 5 artículos disponibles de los cuales se seleccionarán 3 artículos, para la segunda instancia de Seminarios, donde abarcaremos los temas de Transcriptómica (bulk y single cell), Traductómica y Ribonómica, que serán presentados el martes 19 de noviembre en el horario del teórico.

    Para elegir los artículos escriben en el foro correspondiente "Asignación de Seminarios" los nombres de los estudiantes que presentan y el número o título del artículo. 

    • Artículos Seminario 2 - Transcriptómica (bulk y single cell), Traductómica y Ribonómica
      • 1 - Comparative transcriptome profiling of virulent and non-virulent Trypanosoma cruzi.pdf
      • 2 - RNA-Seq reveals that overexpression of TcUBP1 switches the gene expression pattern toward that of the infective form of Trypanosoma cruzi.pdf
      • 3 - Ribosome profiling reveals translation control as a key mechanism generating differential gene expression in Trypanosoma cruzi.pdf
      • 4 - Single-cell RNA sequencing of Trypanosoma brucei.pdf
      • 5 - The RNA-binding protein TcUBP1 up-regulates an RNA regulon for a cell surface–associated Trypanosoma cruzi glycoprotein and promotes parasite infectivity.pdf
  • Selecionar atividade Artículos Seminario 3 - Genómica Funcional

    Seminario 3 - Genómica Funcional 

    - 3 grupos -

    Estos son los 5 artículos disponibles de los cuales se seleccionaran 4 artículos para la última instancia de Seminarios, donde abarcaremos temas de Genómica Funcional, que serán presentados el viernes 22 de noviembre.

    Para elegir los artículos escriben en el foro correspondiente "Asignación de Seminarios" los nombres de los estudiantes que presentan y el número o título del artículo. 

    
    

    • Artículos Seminario 3 - Genómica Funcional
      • 1-Evaluation of CNV detection tools for NGS panel data in genetic diagnostics_Moreno-Cabrera 2020.pdf
      • 2-Genetic Alterations Detected in Cell-Free DNA Are Associated with Enzalutamide and Abiraterones Resistance in CRPC_ torquato2019.pdf
      • 2-Sup_Mat_Genetic Alterations Detected in Cell-Free DNA Are Associated with Enzalutamide and Abiraterones Resistance in CRPC supplement-Supplemental_data.-torquato2019.pdf
      • 3-Prediction and prioritization of neoantigens_ integration of RNA sequencing data with whole‐exome sequencing _ Enhanced Reader.pdf